Luftfartssektorn har ingått i EU: s handelssystem sedan början av 2012. Den nödvändiga lagstiftningen antogs 2008 genom ändringar i handelsdirektivet. Ingår gör alla utsläpp från flygningar som anländer till eller avgår från någon flygplats belägen inom Europeiska unionens eller ett EES-Efta-land (Norge, Island och Liechtenstein).
Luftsektorn ingår också i länkningen med Schweiz. Flygverksamheten inom det schweiziska ETS återspeglar samma principer som inom EU ETS.
Varje luftfartygsoperatör som ingår tilldelas en medlemsstat som sedan ansvarar för beslut om fri tilldelning och fullgörande. En luftfartygsoperatör baserad i EU tilldelas den medlemsstat som utfärdar licensen medan en luftfartygsoperatör baserat utanför EU tilldelas den medlemsstat där den största delen av utsläppen har gjorts. Luftfartygsoperatörer kan använda både utsläppsrätter för luftfarten och allmänna utsläppsrätter vid överlämnade för fullgörande.
EU beslutade 2012 att tillåta att flygningar till och från länder utanför EES tillfälligt undantogs så att den internationella civila luftfartsorganisationen ICAO skulle få tid att upprätta ett globalt avtal för hantering av luftfartsutsläpp. Undantaget kallades "Stop-the-clock" och förlängdes sedan att gälla till och med 2016. Under 2017 förlängdes undantaget ytterligare. ICAO uppnådde 2016 en överenskommelse om ett globalt klimatstyrmedel, CORSIA, för att begränsa utsläppen från luftfarten. Just nu pågår arbetet inom ICAO för att utveckla nödvändiga genomföranderegler och verktyg för att göra systemet operativt.
